Das sieht so aus als schaffen es die Servertools nicht den tomedo-Server zu beenden (was für ein Update jedoch notwendig ist). Ursache könnte sein, dass der Server noch irgendwas (mehr oder weniger sinnvolles) macht, z.B. eine Statistik ausrechnen, eine Abrechnung erstellen, Emails abrufen/versenden...
Sie könnten versuchen den Server mal händisch zu stoppen im Tab "Status" über den Button "Server stoppen" bzw. (wenn das nicht geht) "Stopp erzwingen". Wenn das nicht klappt, kann ich auch gerne mal draufschauen...