Das Problem ist in letzter Zeit häufiger aufgetreten, da Apple scheinbar vermehrt Gebrauch der problematischen Updates "ohne Neustart" macht, siehe beispielsweise hier:

Eine Möglichkeit, das Problem systematisch zu umgehen, besteht darin, die automatischen Systemupdates in den Systemeinstellungen -> App Store zu deaktvieren. In diesem Fall werden Sie immer noch über neue Updates des Betriebssystems informiert, können aber den Zeitpunkt der Installation selbst wählen und dementsprechend einen Neustart des Systems einplanen.

Natürlich ist das nur eine vorübergehende Lösung des Problems. Wir arbeiten momentan an einer besseren Lösung, die fest in die neuen ServerTools integriert sein wird.