Hier die antworten (hatten wir aber auch teilweise telefonisch besprochen)
Was kommt ins das Feld FK 5011, FK 5012 und FK 5009 hinein?
Ich denke die Erklärungen in tomedo sind aussagekräftig.

Wo gebe ich die EBM-Ziffer 88999 an?
Das wäre in admin/KV/EBM-Katalog, hier können Sie eigene Ziffern anlegen. Ob Sie diese dann abrechnen können ist natürlich fraglich.
Kann man hinterlegen, dass bestimmte Sachkosten bei bestimmten Kassen preisreduziert werden? Oder muss man das manuell abziehen?
Nein kann man meines Wissens nicht. Am besten mehrere Sachkosten mit entsprechender Reduktion angeben. Gibt es dafür evtl einen Katalog von der KBV?
Wird die Struktur, die die KV bei der Einreichung verlangt hier schon berücksichtigt?
Welche Struktur meinen Sie?