Das geht mit der Vorschau/Prieview.app von apple ganz gut.
1.) Zuerst den Werkzeugkasten öffen

2.) Den Zauberstab auswählen

3.) Die Maus gedrückt halten und im unsichtbar zu machenden Bereich verschieben. Damit kann festgelegt werden, mit welcher Toleranz markiert wird.

4.)Den markierten Bereich mit der backspace-Taste löschen
5.) Die Datei als PNG speichern (normales jpg kennt keine Transparenz)
6.) Das png in tomedo in den entsprechenden Icon-Konfigurationsbereich ziehen.