Bei mir waren es die Backup-Snapshots, die den Speicher gefressen haben. Falls Sie CarbonCopyCloner verwenden, können Sie dort die Snapshots löschen und einstellen, dass weniger aufbewahrt werden.
Falls Sie TimeMachine nutzen können die Snapshots per Terminal-Kommando gelöscht werden, da weiß ich aber nicht genau wie das geht. Der Support hatte darauf hingewiesen. siehe auch hier: