Ich stoppe den Server nie vor dem Update. Klicke nur Update an. Das hat in inzwischen 3 Jahren vielleicht 3 Mal nicht reibungslos funktioniert und musste neu gestartet werden.
Es wäre aber vielleicht sinnvoll, dass tomedo erst mal den Download sicher abschließt und dann erst mit der Updateprozedur - incl Sicherheitsbackup - startet. Das lässt sich doch sicher programmieren...